특허와 실용신안사건은 특별한 사정이 없는 한 우선 재판부가 소장 기타 소송서류를 검토하고 기술심리관의 설명을 들어 기술내용을 파악한 다음, 준비절차에 회부하여 수명법관의 지휘 아래 집중적으로 심리하고 있습니다.

디자인 및 상표사건 역시 준비절차에 회부할 수 있으나, 이들 사건은 특허 및 실용신안사건에 비하여 상대적으로 그 내용이나 쟁점이 간단한 경우가 많으므로, 대개는 준비절차를 거치지 아니하고 바로 변론기일을 지정하고 있습니다.

준비절차에 회부한 사건에 대하여는 먼저 서면에 의한 쟁점정리절차를 시작하는데, 서면에 의한 쟁점정리절차는 『준비서면 공방』과 『기일 전 증거조사』의 두 가지가 핵심요소입니다. 그 중 『준비서면 공방』은 피고가 실질적 내용이 있는 답변서를 제출하면 이를 원고에게 송달하면서 3주 정도의 기간 안에 반박 준비서면을 제출하도록 하는 구조로 진행됩니다. 그리고 이 과정에서 쌍방 당사자는 준비서면에 의한 주장의 제출과 더불어 그 주장을 뒷받침하는 증거신청 및 증거의 현출을 모두 마쳐야 합니다. 따라서 관련 서증은 원칙적으로 준비서면에 첨부하여 제출하여야 하고, 문서송부촉탁, 사실조회, 검증·감정신청과 그 촉탁은 물론 증인신청까지도 모두 이 단계에서 마치는 것을 원칙으로 합니다.

이러한 서면공방절차를 통하여 기본서면공방이 종료되면, 재판장은 이 상태에서 본격적인 기록검토 및 사건분류를 하여 심리방향을 결정하는데 이 과정에서 쟁점부상 및 기일 전 증거제출이 일단 완료되었다고 판단되는 사건은 쟁점정리기일을 지정하게 됩니다. 쟁점정리기일은 쌍방 당사자 본인이 법관 면전에서 사건의 쟁점을 확인하고 상호 반박을 하는 기회를 가짐으로써 구술주의의 정신을 구현하는 절차로서 이를 통하여 당사자 본인이 하고자 하는 주장과 호소를 할 만큼 하게 함으로써 재판에 대한 승복률을 높이는 방향으로 운영하고자 하는 것입니다. 때로는 특허 및 실용신안사건의 기술내용을 정확히 파악하기 위하여 당사자를 비롯한 관계 기술자를 출석시켜 도면, 실물, 모형, 컴퓨터그래픽, 비디오장치 등을 이용하여 기술적 사항에 관한 각자의 주장을 구체적으로 설명하도록 하는 기술설명회를 개최함으로써 쟁점과 증거를 정리합니다. 이 절차에서 기술내용에 관한 폭넓고 심도 있는 심리를 할 수 있게 됩니다.

쟁점정리기일에 이어지는 다음 기일은 이른바 집중증거조사기일로서 각 사건에 관련된 쌍방의 증인 및 당사자신문 대상자 전원을 한꺼번에 집중적으로 신문하고, 신문을 마친 사건은 그로부터 단기간 내에 판결을 선고하는 구조로 운영한다는 것입니다.

특허법원 소송절차에 있어서도 민사소송의 경우와 마찬가지로 공개심리주의, 구술심리주의와 변론주의가 적용됩니다. 이 점에 있어서 직권심리주의가 적용되는 심판절차와 차이가 있습니다. 다만, 특허소송은 행정소송의 일종 이므로 재판부가 당사자의 입증이 불충분하여 심증을 얻기 어려운 경우 등 필요하다고 인정할 때에는 보충적으로 당사자의 증거신청이 없어도 직권으로 증거조사를 할 수 있습니다.